“朋党之起，就是大明亡国之始，内斗内行，外斗外行，正所谓文人误国，大家来议一议吧。”吴应熊谈起“东林党祸”，像在一潭寂静的死水里丢进了一颗深水炸弹，武英殿里顿时炸开了锅。
马士英、阮大铖等人听了吴应熊的话，他们深表赞同，觉得东林党人就是表面上正人君子，实际上是误国误民，他们一个个挺直了腰杆。而刘宗周等在场的文官很多人脸色都变了，其中有一个人反应颇为强烈，他就是南京礼部侍郎钱谦益。
当时还是封建社会，“东林党”之“党”，是朋党而不是近代政党，“结党乱政”是重罪。钱谦益等东林党人原本见吴应熊在京师整治阉党，革除太监干政的土壤，对吴应熊很有好感，没想到吴应熊对东林党也没太多好感。
东林党源于顾宪成，他在万历二十二年被削去官籍返回故乡无锡，和弟弟顾允成修复了无锡城东的东林书院。这所书院原本是宋代大儒杨时创立，杨时是宋代大儒程灏、程颐两兄弟的门徒，是“二程学说”的正宗嫡传。后来宋代大儒朱熹则是杨时的弟子。顾宪成重修东林书院时，宣布他继承杨时衣钵。当时，不少怀抱道义而不被当政者所接纳的士大夫退归林野，东林书院的重建使他们找到了知音，因此都争相前来，使得“学舍至不能容”。
讲学之余，东林党人聚在一起，用委婉的语言议论朝政，褒贬品评执政的大臣。用“君子”和“小人”去区别政治上的正邪两派，东林党人号称“清流”影响天下舆论，此时，钱谦益是东林党的领袖之一。
东林党人最大的特点，就是不讳言“党”及“朋党”，常以“吾党”自称。在他们的语汇中，“党”，已不是“同乡”、“乡党”之意，而是“同道”、“志同道合”之意。本来传统儒家以为“君子不党”，但东林党人高攀龙、钱一本等人认为，小人可以有党，君子也可以有党。
刘宗周的认识则更进一步，他否认小人有党，而君子以同道为朋，以自绝于小人为党，将党视为正人君子的代名词，给“党”、“朋党”这一概念做了新的诠释，改变了贬义的内涵，结果使得明末党争更加厉害，朝廷一事无成。
但吴应熊觉得，东林党人，只会满口道德文章，“文人误国”。长期的上层生活，使得东林党人严重的与支持整个农民阶层脱节，不知道民间的疾苦。讲起大道理有一套，真正有用的实际行动没有。吴应熊主政江南的第二把火，便烧向了他们。因为吴应熊认为，明末的党争，也是大明亡国的重要原因。
在明朝，阉党、武将、文官是明朝的三大政治集团，土木堡之变后，明朝武将系统遭到了毁灭性的打击，使得朝廷的政治势力仅剩了文官和阉党，大大加深了阉党和文官的斗争，明末东林党因此而生。崇祯皇帝一下子把阉党连根拔除，这样东林党就失去了掣肘，一家独大，这些东林党人对皇命阳奉阴违，使崇祯皇帝有力无处使，觉得“文臣个个可杀”。
吴应熊知道，东林党主要以江南士大夫为主，靠的是在全国各地讲学的东林书院笼络天下读书人的心，讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。东林党人的书没白读，骂功十分了得。不论是市井的歌谣，还是朝堂上直接的上疏弹劾，被盯上的人名声立马顶风臭十里。
在明朝后期有一个“怪现象”——任何国家加强对私人经济活动控制的政策，任何国家试图增加工商业税收的行为，都必然遭到东林党坚决一致的抵制排斥，“不与民争利，藏富于民”几乎成了他们无往而不胜的理论法宝，“农本商末”在他们那里的意思仅仅是你国家要打就只能打农业的主意。终于，最贫穷的西北农民起义了，还攻进了北京。
本来明代的财政在万历之前以农业税主，而明代张居正改革重在税收，重点从征收收农业税，转移到征收工商业的税收。这自然大大触动了江南的工商利益集团，在这个背景下，东林党开始形成。张居正一死，东林党就废除这个税收制度。万历皇帝心知继续征收微薄的农业税，不但国库不够用，而且农民也无法忍受，便把工商税收到内库。这就是所谓的万历贪财之迷。而实际上，万历三大征所用的钱，正是内库的工商税。
但是，通过“廷击”、“红丸”、“移宫”三案，东林党终于在万历死后第一次把持了朝政，他们马上逼迫泰昌废除了各项工商税收。当时中国各地区的发展及不平衡。江南工商发达，而几乎不用交什么税。北方各省的农民则难以忍受高高的税收，一遇到天灾更是食不果腹。北方农民水深火热，江南的行商坐贾们又是怎样一番情景？
以《金瓶梅》中的西门庆为例，他不仅仅是明朝成化以来广泛流行的房中术和性享乐主义风潮下一位虚拟的集大成者，他的故事更是真实再现了晚明江南“市井贩鬻”、“逐末营利”的商业盛景。
西门庆除了正常经营外，还涉嫌偷税漏税。按照明朝税制，三十税一，已经算很低的税了，韩道国一万两银子的绸缎货物，应当纳税300多两银子。但经过税卡时，西门庆启动关系网，用50两银子行贿，得了钱老爷一封人情书信，过税卡时，货物“两箱并一箱，三停只报了两停”，最后货也不验，只交了35两5钱银子，就蒙混过关。当然，事后西门庆还要送一份厚礼给钞关。大概连交税带送礼，只花了